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・1999(平成11)年・第3回 (★マンガ大賞)【691】 ◎ 浦沢 直樹 『MONSTER (全18巻)』 (1995/06 小学館・ビッグコミックス) ★★★★★ 「小学館漫画賞(青年一般部門)」「手塚治虫文化賞(マンガ大賞)」「文化庁メディア芸術祭マンガ部門(優秀賞)」の3冠)
・2005(平成17)年・第9回 (★マンガ大賞)【692】 ○ 浦沢 直樹 (原作:手塚治虫) 『PLUTO (1)』 (2004/09 小学館・ビッグコミックス) ★★★★ (「手塚治虫文化賞」2度目の受賞)
・2005(平成17)年・第9回 (新生賞)【1116】 ◎ こうの 史代 『夕凪の街 桜の国』 (2004/10 双葉社) ★★★★☆
・2006(平成18)年・第10回 (★マンガ大賞)【2104】 ○ 吾妻 ひでお 『失踪日記』 (2005/03 イースト・プレス) ★★★★ 「日本漫画家協会賞(大賞)」「手塚治虫文化賞(マンガ大賞)」「文化庁メディア芸術祭マンガ部門(大賞)」の3冠)
・2009(平成21)年・第13回 (★マンガ大賞)【3175】 ◎ 辰巳 ヨシヒロ 『劇画漂流 (上・下)』 (2008/11 青林工藝舎) ★★★★☆
・2009(平成21)年・第13回 (新生賞)【1569】 ○ 丸尾 末広 (原作:江戸川 乱歩) 『パノラマ島綺譚』 (2008/03 エンターブレイン) ★★★★
・2022(令和4)年・第26回 (★マンガ大賞)【3070】 ○ 魚豊(うおと) 『チ。―地球の運動について―(1)』 (2020/12 小学館) ★★★☆
・2023(令和5)年・第27回 (新生賞)【3263】 ○ ガンプ 『断腸亭にちじょう (1)』 (2022/05 小学館) ★★★★